Baixar o código-fonte de uma aplicação e compilar você mesmo. Esta é uma tarefa clara para 90% dos programas que existem por aí, mas pode causar problemas com dependências. Enquanto os vários gerenciadores de pacotes possuem seus meios de trabalhar com as dependências, aqui vai outra.
Quando construir a partir do fonte usando o próprio método padrão de ./configure && make && make install, instale CheckInstall primeiro. Você pode pegá-lo em www.asic-linux.com.mx/~izto/checkinstall caso não esteja nos repositórios da sua distribuição. Execute-o ao invés de make install que, no lugar de instalar os novos arquivos diretamente no seu sistema de arquivos, irá primeiro montar um pacote e então instalá-lo. CheckInstall funciona com pacotes Deb, RPM e Slackware. Você pode especificar o tipo no arquivo de configuração ou esperar que ele pergunte quando executado
./configure && make && checkinstall
Além do tipo de pacote, CheckInstall irá perguntar por outros detalhes. A maioria é opcional ou pode ser deixada no valor padrão, mas tenha certeza de que o nome é igual ao da versão anterior que você está substituindo, ou então o seu gerenciador de pacotes ficará confuso. Instalar com CheckInstall também permite a remoção simples do pacote, pois não há necessidade de manter o diretório fonte por perto e alguns programas nem possuem a opção make uninstall.