O problema de ter muitos arquivos de vídeos é que eles estão em muitos formatos de arquivo diferentes - e há dúzias de codecs diferentes para codificar streams de áudio e vídeo.
Provavelmente você tem familiaridade com o maravilhoso MPlayer, mas o que você talvez não saiba é que é que há um utilitário irmão chamado MEncoder. Ele é desenvolvido a partir do mesmo código base do MPlayer e como resultado é capaz de converter para e dos mesmos formatos que seu consumado irmão. MEncoder funciona pela linha de comando e pode não ser tão intuitivo para iniciantes, pois há muitos parâmetros. Verifique na página man do MEncoder!
Basicamente o comando do mencoder usa quatro parâmetros diferentes para converter o arquivo. A primeira parte é a entrada, a segunda é a saída do codec de vídeo, a terceira para a saída do codec de áudio seguida do parâmetro final para a saída do comando. Um comando MEncoder típico parece como isso:
$ mencoder input.avi -ovc lavc -ovc -lavcopts vcodec=mpeg4:vhq:vbitrate=1200 -oac copy -o output.avi
Isso parece complicado, mas na verdade não é tanto. input.avi é o arquivo a ser processado, e -ovc lavc diz ao MEncoder qual é o codec de saída a ser usado. O próximo parâmetro são as opções de codec. Neste caso, especificamos MPEG4 (equivalente ao DivX) com variação de bit-rate de 1200. O -oac copy é aonde o codec de saída de áudio deve estar, mas neste caso estamos simplesmente copiando para arquivo fonte, que é o parâmetro final.
O que é interessante sobre o MEncoder é que ele realmente tira vantagens do sistema Linux. Por exemplo, você pode usar uma entrada de televisão para o arquivo-fonte, ou passar o vídeo através de um filtro. Você pode até remover as barras que você vê em filmes widescreen usando o comando crop.